Богоявленская церковь в своем первоначальном виде была построена за городской чертой, «за валом», в Свияжской конной слободе. «По народному преданию она была одной из самых древних церквей в Симбирске, – сообщает А. Яхонтов. - И весьма вероятным кажется предположение, что, одновременно с устроением около Симбирска Свияжской слободы и первым поселением в ней казаков, была построена в ней и церковь Богоявленская».
А. Яхонтов предполагает, что старая церковь представляет собой в общем объеме церкви 1898 г. «придел во имя святого Иоанна Предтечи его позднейшие придатки, и есть первоначальная Богоявленская церковь, находившаяся в Симбирской Свияжской конной слободе».
С начала основания церковь была каменной. «В народе сохраняется предание, что самый овраг подле церкви, называемый Симбиркою, произошел от трех кирпичных сараев, в которых приготовлялся кирпич на построение Богоявленской церкви».
Это вполне естественно, так как речка Симбирка вплоть до 1800 г. являлась северо-западной границей города и примерно напротив усадьбы Дома-музея В.И. Ленина на ул. Ленина (ранее ул. Московская) в овраге речки Симбирки на ее южном берегу отмечено в конце XVIII века наличие кирпичных сараев.
Таким образом, историко-мемориальное значение Богоявленской церкви связано с основанием одной из первых Свияжских слобод за городским валом. В этом отношении примечательно, что в прежние времена ул. Московская доходила до Богоявленской церкви, и здесь кончалась деятельность городской управы, так как продолжение этой улицы в сторону Свияги называлось Богоявленским съездом, и его благоустройством уже ведало Губернское правление. А нынешняя улица 12 Сентября в части, примыкавшей к ул. Московской, называлась Богоявленским переулком.
В последующие 1870—1880 гг. историко-мемориальное значение Богоявленской церкви еще больше возросло в связи с тем, что в непосредственной близости от нее по ул. Московской в 1875—1887 гг., а также на ул. Покровской в 1877— 1878 гг. проживала семья Ульяновых. Мимо этой церкви в сентябре 1833 г. проезжал А.С. Пушкин.
15 января 1886 г. в этой церкви происходило последнее прощание семьи Ульяновых со скончавшимся 12 января 1886 г. Ильей Николаевичем Ульяновым.
Первоначальный архитектурный облик Богоявленской церкви менялся постепенно. В 1734 г. к маленькой церкви на средства симбирского купца Ивана Ивановича Воронцова был пристроен основной, дошедший до 30-х годов XX века, храм, освященный в честь Богоявления Господня. В последующих документах этот год 1734 принят за основную дату сооружения церкви. Прежняя меньшая церковь была в это время переименована «в честь Усекновения главы святого Иоанна Предтечи». Общая длина церкви в 1872 г. составляла 20,5 сажень (около 44 метров).
Церковь состояла из следующих частей, соединенных между собой: с запада размещалась четырехъярусная колокольня, нижний ярус которой был в виде четверика, а три верхних яруса, постепенно уменьшаясь по ширине, были в виде восьмериков, затем шел пологий купол, который завершала небольшая главка с крестом. Трапеза в 1861г. была обращена в теплую церковь «в честь Честных Древ Животворящего Креста», после чего церковь стала трехпрестольной. Далее размещался теплый храм, соединенный с трапезой, превращенной в церковь, двумя большими арками. Храм представляет собой четверик, над которым покоится восьмигранный световой барабан с рядом окон в гранях. Барабан завершен колоколообразным куполом с небольшой главкой и крестом. С восточной стороны храма размещался одноэтажный округлый алтарь.
Архитектурно-градостроительное значение Богоявленской церкви заключается, во-первых, в том, что она формировала небольшую площадь на ул. Московской (ныне Ленина) и Богоявленского переулка (ныне ул. 12 Сентября), на этом месте с использованием стен бывшей церкви стоит двухэтажное здание; во-вторых, со стороны Московской дороги из-за Свияги эта церковь вместе с пожарной каланчей и Лютеранской церковью создавала линейный путевой архитектурный ансамбль высотных сооружений, объединявших близлежащую застройку ул. Московской, ныне целиком вошедшей в состав историко-мемориальной зоны и включенной, в основном, в состав заповедника «Родина В. И. Ленина»; в-третьих, вертикальный объем Богоявленской церкви создавал завершающий акцент западного направления градостроительной системы пространственного композиционного треугольника города, образованного тремя соборами и этой церковью. Достопримечательности и внутреннее убранство церкви подробно описано А. Яхонтовым в 1898 г.
Богоявленская церковь имела особое историко-мемориальное значение, непосредственно связанное с семьей Ульяновых. В ней происходило прощание с И.Н. Ульяновым, умершим в январе 1886 г., что должно быть отмечено мемориальной доской. Эта церковь была основной высотной доминантой и формировала вертикальный силуэт части города Симбирска, обращенной на запад к границе города вдоль Богоявленского съезда к реке Свияге, куда в летнее время часто ходили многие симбиряне купаться, а зимой на каток.
В архитектурно-градостроительном отношении эта церковь была единственным из самых старых сооружений в районе ул. Московской, обращенной к Свияге, и выполненной в византийском стиле.
Следует считать восстановление Богоявленской церкви на ее прежнем месте наиболее целесообразным и реальным, так как она возродит утраченный облик целого отрезка улицы, почти 200 лет связанной с жизнью нескольких поколений. Тем более, что пожарная каланча уже восстановлена, а колокольня Лютеранской церкви в измененном виде существует с 1913 года.
В областном архиве хранятся метрические книги прихожан церкви. Ее силуэт хорошо просматривается на ряде старых фотографий города, который наиболее полно воспринимается из-за реки Свияги со стороны Московской дороги на фоне величественной панорамы Свияжского амфитеатра, раскрывающего всю красоту исторической части города.
